کلیسای جامع کوتایسی که به کلیسای جامع باگراتی مشهور است، بنایی تاریخی و زیبا متعلق به قرن یازدهم میلادی است که به علت سبک معماری و قدمت خود، مورد توجه بسیاری از گردشگران و مهمانان خارجی شهر است. این کلیسا بر روی تپه‌ای به نام Uk’imerioni قرار داشته و ساخت آن را به سلطان باگرات سوم - یکی از معروف‌ترین و مقتدرترین پادشاهان سلسله ایمرتی گرجستان- مربوط می‌دانند. بدین سبب به کلیسای باگراتی مشهور شده است.
کلیسای باگراتی در سال ۱۶۹۲ توسط توپخانه عثمانی مورد حمله قرار گرفت که طی آن بخشی از گنبد و سقف آن فروریخت تا اینکه بعد از تصرف گرجستان توسط شوروی سابق، تعمیر و بازسازی آن در سال ۱۹۵۲ آغاز شده و بالاخره در سال ۱۹۹۴ به فهرست میراث جهانی یونسکو راه یافت.
